Kết thúc câu chuyện trong phần phim thứ 3 để lại nhiều tiếc nuối trong lòng người hâm mô và nhiều câu hỏi chưa được làm rõ. Mọi người đã rất hào hức khi thông tin Ma trận 4 được đề cập, cùng với đó là việc xác nhận hai diễn viên chính Keanu Reeves và Carrie-Anne Moss quay lại với vai diễn của họ.
Ở phần phim nay, Thomas Anderson giờ đây đã là một người đàn ông trung niên, một lập trình viên đã đạt được giải thưởng lớn trong loạt trò chơi Ma Trận, dù thế nhưng anh trông có vẻ rất chán nản.
Thomas Anderson cảm thấy hài lòng và yêu thích công việc của mình, nhưng với hình ảnh và các ảo giác trong trò chơi ma trận mà anh đã tạo ra, khiến anh cảm thấy rằng tâm trí của mình không được ổn định, vì thế anh đã quyết định tìm đến nhà điều trị Thomas (Neil Patrick Harris) để tìm cách chữa trị.
Thomas cũng đã gặp lại Trinity hàng ngày ở quán cà phê gần nhà, anh cũng có những cảm xúc đặc biệt dành cho cô, nhưng cả hai đã không thể nhận ra nhau và mỗi người giờ cũng đang có những hoàn cảnh khác nhau.
Mọi chuyện vẫn tiếp diễn như thế cho đến khi Thomas Anderson gặp được hai người đặc vụ nổi loạn là Bugs (Jessica Henwick) và Morpheus (Yahya Abdul-Mateen II), họ cũng đưa cho anh hai lựa chọn quen thuộc chính là viên thuốc xanh và đỏ, để bắt đầu một cuộc hành trình mới trong Ma trận 4: Hồi sinh.